由於引擎控制單元程式發生問題，使得引擎轉速異常，可能會造成車輛熄火，讓騎士遭受嚴重行車安全疑慮，Yamaha 終於發出召回通知，有破千輛的 MT-09 將進行召回。
Yamaha 表示，MT-09 的節流閥開度感知器的接點位置磨耗，使粉末堆積，導致無法辨識正確的節流閥開度位置，以致引擎轉速異常並可能導致引擎警示燈亮起，最嚴重的情況下，可能會造成熄火，恐有行車安全之疑慮。
Yamaha 將進行引擎控制單元程式更新，並更換節流閥開度感知器新品，全程作業工時約 1.5 小時。
受影響的 MT-09 高達 1,018 輛，有多達 808 輛召回的車輛其製造期間在 2021 年 2 月至 2023 年 11 月。另外有 210 輛於 2024 年製造。
這次並非 Yamaha 首度召回 MT-09，2022 年 4 月就曾因為引擎控制元件(ECU)，軟體程式不適當，召回 250 輛 MT09 MTN890 車型。在 2023 年 7 月就曾因主線上的含氧感知器配線接頭防水構造不適切，再次召回 595 輛 MT09 MTN890 車型，MT-09 在 3 年時間已召回 3 次。
MT-09 是一款具有 890c.c. 排氣量與 CP3 水冷三缸引擎的紅牌檔車，最大馬力達到 73.4 匹，最大扭力高達 8.7kg-m，有著 5 吋全彩儀表、第三代快排系統、Brembo 直推式前煞車總泵，以 2024 年式來看，車價 54.8 萬元。
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